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木曽馬の起源については、定かではありませんが、紀元前一世紀頃、蒙古草原馬が、２、３世紀頃から朝鮮半島を南下して渡来し、５〜６世紀以降になると、馬の数は次第に増加し全国に分布していったと思われます。木曽馬の最古の記録として、安閑天皇の御代（５３０年代）元木曽の神坂村湯舟沢霧ヶ原に牧場が設けられたという記述がある事から、この頃から飼育が始められたと考えられています。その後、開発が進むにつれて奥地へと移動し、生産地が形成されました。
１１８０年木曽義仲挙兵の頃には、木曽馬は優れた馬として名声を高め、以後、徳川時代を通じて木曽馬は武士の象徴であり、交通運輸の担い手として日本文化の発展に貢献してきました。
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日本在来馬の分布
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 北海道／北海道和種（道産子）
 長野県、岐阜県／木曽馬
 愛媛県／野間馬
 宮崎県／御崎馬
 鹿児島県／トカラ馬
 長崎県／対州馬
 与那国島／与那国馬
 宮古島／宮古馬 |
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